Depende a lo que le des más importancia. Miraría lo que ganarías y perderías, en función de lo que más utilices y más importancia le des elegiría uno u otro, puede parecer una respuesta muy subjetiva y que no resuelve nada, pero depende de tus gustos y preferencias, porque las diferencias van más allá de que la batería del S6 es peor que la del Z3 y que en cambio la cámara es mejor, te dejo un enlace con los pros y contras. (no te fijes en que es mejor el S6 por la puntuación, ni tampoco quiero convencer a nadie de ello, pero si me parece interesante ver las cosas que tiene el Z3 frente a las del S6).
https://versus.com/es/samsung-galaxy...sony-xperia-z3