En la web de paypal tienes un apartado donde lo explican.
Creo recordar que cobraban si pagas con la tarjeta, pero no si es desde la cuenta bancaria.(a no ser que sea un pedido internacional)
Por otro lado es más rapido pagar directamente desde la cuenta bancaria, que no pasar saldo a paypal desde la cuenta bancaria y luego pagar desde el saldo paypal.