Es tan facil como poner el numero que tu quieras en la linea "system ya XXXM" del archivo flash.cfg.
Por ejemplo, este va con 100M:
"
misc ya 1M
recovery rrecov|ro|nospr filesize recovery-raw.img
boot yboot|ro 5M
system ya 100M
cache ya 5M
userdata ya|asize|hr allsize
"