Ese problema ya le ha pasado a más gente, y no es eso, lo que pasa es que tras la última actualización (la 20160608) pusieron una función llamada "background task clear", y lo que hace es cerrar todas las aplicaciones en segundo plano, que no estén seleccionadas, para ahorrar energía. Por tanto debes ir ahí y seleccionar las aplicaciones que no quieres que se cierren en segundo plano y listo. Yo tengo whatsapp y facebook seleccionados para que siempre estén activos.
Ahí te dejo una captura para que veas:
ve a ajustes - "smart assistant" y la encontrarás la última

Ahí lo ves, así que lo dicho, deja seleccionadas las apps que quieras que se mantengan siempre activas (yo tengo como dije whatsapp y facebook , en tu caso whatsapp y las que quieras), las demás se cierran para ahorrar energía hasta que tú las abras.
Saludos!! ;)
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