Que me corrijan los maestros si me equivoco. Pero creo que lo que hace el .pit es re crear las tablas de particiones del movil. Con lo cual el flaseo es "mas limpio" No es que se quede mejor flaseado sino que borra todo todo todo, al borrar las particiones.
Segun me comentaron por aqui, aunque el .pit este incluido en CSC si lo pones en la casilla que le corresponde, como que al hacerlo independientemente del csc lo hace mas profundo.