Todas las soluciones a lo que planteas pasan por un aparatito muy simple que se llama USB JIG.
Yo he comprado uno en eBay y la verdad es que es un seguro.
En el Samsung Galaxy S y S II, la única posibilidad de que se produzca un brick es que el móvil no entre en modo Download y por lo tanto, no le podríamos poner una ROM por ODIN. Esto se soluciona con el JIG, pues simplemente por conectarlo se obliga al móvil a entrar en modo download.
Lo del contador también se soluciona con el JIG, porque lo pone a cero. Si quedan rastros o no de rooteo y flasheo no tengo ni idea, pero os aseguro que tampoco hacen demasiado caso en el SAT...
Mi compañero de trabajo ha enviado el SII al SAT porque no le funcionaba el sensor de proximidad. El caso es que en el SAT vieron que tenía una ROM custom y un kernel de los que sale el triangulito y todo. En su contador de flasheos aparecía un bonito "4", jejeje y sin embargo no le dijeron nada. Lo cubre la garantía y sin problemas.
Saludos!!!!