Como dice pecollado, quizas eliminas algo necesario para arrancar, de que aplicaciones te dice que no se pueden eliminar?
A mi me decia eso con los programas de actualizacion y uno mas que no recuerdo el nombre, ambos de toshiba.
Los desinstale con algo de temor por lo que pudiera pasar, pero no vi mas esos mensajes al arrancar ni tampoco paso nada.