tienes que ser root para eliminarlas, y luego utilizar algun oprograma tipo app system remover, o el propio titanium backup.
Lo de gestionar las app en marcha no es necesario, android las cierra solas, si metes un taskiller al final te gastará la batería.
EN todo caso puedes probar el Multitasking Pro, que te permite cerrar o ver que apps están abiertas en segundo plano y demás.