A mi me pasa algo parecido y creo que se debe a que en el apartado de apps no se incluye el espacio ocupado por las apps del sistema y ofrece un dato erróneo.
Tomando como ejemplo la memoria que te aparece a ti en apps para explicarte lo que me pasa a mi, yo probé a desinstalar la actualización de Google play kiosco o una de esas y al dejarla de fábrica e inhabilitarla la memoria de apps subió a 2,11GB. Cuando la deshabilitaba y la actualizaba, el espacio ocupado por apps volvía a 2,10GB cuando al haberla actualizado debería ocupar más que cuando la dejaba inhabilitada.
Probé a sumar el espacio ocupado por las apps del sistema más los archivos apk de las actualizadas y comprobé que era ese el espacio que me faltaba. Puedes intentar averiguar si es tu caso. Según tengo entendido, si no me equivoco, las apps del sistema que se actualizan ocupan más espacio por el apk que venía de serie más el actual.
