Vamos a ver.
Una vez que estas en el menu de MAGLDR, seleccionas la opcion USB Flash, conectas el cable, pulsas el botón de llamada y ejecutas (EN MODO ADMINISTRADOR) el DAF.exe que acompaña a la rom Android que quieres instalar.
Si lo que quieres es volver a WM, pon la HD2 en modo bootloader, conecta el cable USB y ejecuta el RomUpdateUtility.exe o el CustomRuu.exe (dependiendo de la rom que sea) EN MODO ADMINISTRADOR.
Suerte
EDITO: IMPORTANTE: Ten mucho cuidado si decides volver a WM con que la rom que instalas no lleve junto con ella una radio de formato xx.xx.51.xx si no quieres averiar de forma permanente tu HD2.