No, las aplicaciones de sistema, como el launcher etc, es cierto que están en system, pero sus configuraciones, etc están en data, si no borras data te respeta todo lo que tenías, el wipe system borra la rom y las aplicaciones de sistema, pero vas a flasear acto seguido la nueva version de la rom, con lo que te lo vuelve a colocar todo en su sitio y sin peligro de que te quede algún resto de una version anterior que luego te pueda dar problemas.
