Para actualizar a partir de ahora hazlo siempre por TWRP. Antes de flashear nada haz un nandroid backup:
https://www.google.es/search?q=twrp+nandroid+backup
Y para conservar todo yo siempre he usado Titanium Backup y luego restauras uno por uno los programas o incluso por lotes. Desde Titanium Backup puedes incluso crearte un zip para instalar todo desde TWRP:
https://www.google.es/search?q=titanium+backup+zip+twrp
Titanium Backup es de pago, pero para mi vale cada euro a poco que te dediques a probar ROMs...
Por último si usas Nova Launcher, incluso el escritorio y la configuración del launcher que tengas te la puedes guardar y restaurar con un par de clicks.
Lo único que jamás he encontrado forma de restaurar es la configuración de XPosed, eso para mi siempre ha sido una puñeta, pero al menos aplicaciones y launcher no es mayor problema con lo que te comento.
Un saludo y gracias de nuevo.
