Buenas,
Hacer un wipe cache partition no borra tus datos ni tu configuración, solamente borra los residuos que dejan las aplicaciones para que arranquen más rápido. Android no es como windows que cuando apagas el ordenador desaparece toda la información de la ram, en Android las aplicaciones dejan unos pocos bites en la ram para que cuando vuelvas a abrir la app esta se abra más rápido. El wipe cache partition borra esos bites o kilobites o megas que quedan. Esto se hace para evitar conflicto entre los datos de unas aplicaciones antiguas y las nuevas cuando cambias de rom. En definitiva, es lo máximo que puedes hacer, sin perder nada quiero decir, cuando el teléfono te va lento, te salen mensajes de aplicaciones que se cierran, en algún caso exceso de consumo de batería, cuando ves que la cosa no va fina. Por eso es recomendable hacerlo antes y después de cada flasheo, para hacer una instalación lo más limpia posible.
Por el contrario, un wipe factory resert si elimina todos tus datos y aplicaciones dejando solo el sistema operativo, para que nos entendamos.
Un saludo