De edición de vídeos en Android no tengo ni idea, pero no parece que haya avanzado mucho el tema desde la última vez que miré.
No creo que encuentres en ningún sitio un código para copiar y pegar fácilmente, pero puedes cotillear en este proyecto:
https://github.com/appunite/AndroidFFmpeg
El fichero C que dices supongo que son los bindings de JNI para que puedas llamar a la biblioteca desde Java. Esos los tienes en el directorio library-jni pero desconozco si incluyen bindings para las funciones de edición (la app dice que es para reproducir...)
En packtpub tienen un tutorial de trabajar con ffmpeg y NDK
https://www.packtpub.com/sites/defau...s_with_NDK.pdf
Te veo echándole horas.
¿No es factible subir el vídeo a un servidor y que el servidor lo trocee y le dé al móvil ya algo perfectamente optimizado? Es infinitamente más fácil usar ffmpeg por línea de comandos en un script de servidor que hacerlo desde el móvil que igual hasta va a pedales porque hay cada Android por ahí que da penita su CPU y GPU.