Creo que hay algunos temas donde se ha hablado mucho de esto.
Vaya por delante que puede ser un problema de tu teléfono. Pero la mala calidad de audio grabado en los vídeos es un viejo conocido en el Nexus 5. El caso es que su micrófono no debe ser para tirar cohetes y mucha gente se quejó desde el principio. Personalmente no le he exigido mucho en ese aspecto. Eso sí, creo recordar que había algún MOD o ajuste que lo mejoraba ligeramente (root fijo).
EDITO: Aquí está, échale un ojo:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=837946