Yo por ahora no tocaba nada, el tema del root está muy verde y todavia no se sabe bien los efectos secundarios del mismo.
Como sabes, si lo haces es bajo tu responsabilidad, pero en principio borrando las que has dicho no deberia haber problemas, el caso es saber como se llaman para quitarlas.
Si haces root sin la tarjeta igual despues no te la reconoce, pero esto solo es un supuesto, no estoy seguro.