A mí me ocurrió que tras instalar CM13, no me salían las notificaciones, y tampoco podía desplegar los ajustes rápidos. Lo de las notificaciones era un coñazo porque el teléfono sonaba, y al no haber ninguna notificación tenía que ir mirando todas las aplicaciones hasta dar con la que había recibido la notificación. Así que me he vuelto a CM12.1
No sé a que se debe, pero me da mucha pereza volver a ponerme otra vez al método de prueba error. Ya no tengo la paciencia que tenía antes...