1. Haz la copia de seguridad con el Sprite Backup, pero previamente haz un soft-reset... si sigue dandote problemas la copia ya el caso es un expediente X
2. ni idea, no uso el TF3D
3. para que lo entiendas, una ROM cocinada sería como aplicarle un Service Pack al Windows XP o al Vista (pero no oficial). No es solo un mero cambio de estética y/o programas... es optimizar, aplicar parches, corregir problemas, a la versión oficial...
Saludos