Gracias a todos por ayudar.
Al final he vuelto a instalar la rom en limpio y he podido actualizar los binarios correctamente.
El problema
es que al restaurar la aplicaciones de la copia de seguridad hecha con el mismo dispositivo (opción que ofrece Flyme->Ajustes->Almacenamiento->Copia de seguridad), al reiniciar el dispositivo, no carga el launcher de Flyme, solo puedo utilizar la barra de notificaciones y acceder a la multitarea.
He comprovado que el problema lo causa alguna aplicación al restaurar sus datos. La única solución que he encontrado es, volver a instalar en limpio, no restaurar la copia de seguridad y instalar las aplicaciones manualmente con lo APK's que tengo en mi PC.
Espero que haya otra solución por si me vuelve a ocurrir el problema, haber si alguien me da la solución.
Gracias de antemano.