Dudo que la ID del lector de huellas vaya vinculada a la placa madre. Si no es muy caro, compralo e intenta sustituirlo, no creo que tengas problemas.
Para activar el root en Flyme 5, lo primero que tienes que hacer el iniciar sesión en tu cuenta de Flyme y luego ir a Ajustes>Fingerprint and Security>Root. Si no iniciar sesión en Flyme esa opción no aparece.