Si estoy con lo cierto, hotmail es POP entonces lo unico que hace es enviar una copia de lo que te llegue a la bandeja de entrada de hotmail al movil, el correo deseado no (en el iphone es asi) y si borras en el movil cuando vayas al pc vas a tener que borrar otra vez
Lo que te recomiendo que es lo que he hecho yo, hazte un gmail y redireccionas la cuenta hotmail a gmail y de ahi ya tienes todo
Saludos