Yo tambien he usado siempre el Toolkit de Wugfresh, sobre todo cuando la lío y quiero dejarlo stock para empezar desde 0.
El tema es q intenté usarlo con el 5X al darme error el kernel phasma, y al meter la imagen de fabrica y al final tuve q dejarlo stock borrando todo, supongo q habría algun problema con las particiones o algo asi.
En todo caso, si el OP quiere añadir esto al tuto:
fastboot flash recovery twrp-x.x.x.x-xxx.img
Una vez hecho esto y con el TWRP, se puede reiniciar a recovery y desde ahi flashear supersu y kernel alternativo (incluso xposedarm.zip en caso de usarlo) para arrancar con todo puesto.
