Hasta donde yo se. No. Date cuenta que uno de los primeros pasos antes de instalar es hacer un Wipe Data/Factory reset.
Dentro de la misma versión es posible (depende de los cambios realizados en la ROM) que se pueda hacer un paquete de actualización que no altere esos datos.
Yo te recomiendo (es lo que suelo hacer por seguridad y pruebas), lo primero hacer un BackUP de la ROM completa. Con esto si hay problemas siempre puedes hacer un restore.
Luego hacer un BackUp de las aplicaciones y sus datos con Titanium BackUp.
Y por último flashear la ROM de la nueva versión siguiendo los pasos.
Si todo va bien, te vuelves a instalar el Titanium y restauras las aplicaciones.
