Como estas intentando instalar root y recovery? Sobre que versión? Que programa usas?
Tienea que bajar a la versión 5.0.2 compilación acabada en 28 (con flashtool), descargar el recovery de nut, descomprimes el recovery y con el móvil conectado en depuración USB ejecutas el archivo install.bat y seleccionas la opción 3, el solo te hace root, instala supersu y recovery; una vez con recovery si quieres pasar a Marshmallow tienes que flashear el firm Preroot desde recovery.
Desde Android 6.0.1 no vas a poder hacer root a no ser q abras el bootloader.
Recovery:
http://nut.xperia-files.com
Como descargar y flashear la versión 5.0.2 de Android:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1091090