Buenas...
Al borrar los datos de la app superSU te debería pedir de nuevo los permisos para todas las apps que quieran acceso a root, entre ellas settings. Las dos veces que me ha pasado instalando esta ROM se me ha solucionado así. No sé de que otra forma hacerlo sin restaurar a fábrica. Puedes probar a eliminar datos de supersu y entrar en ella (eso sí te lo permite el menú ajustes) y ponerle denegar permisos por defecto. Así no habrá forma que settings obtenga privilegios en el arranque antes de que cargue el sistema y puedas usar el móvil. Luego entras a supersu y ya lo pones como siempre dejando settings denegado.
Para el botón home yo uso xposed framework y el módulo GravityBox. Con ese pongo los botones correctamente como en una stock.
No se me ocurre otra solución. Si restauras a fábrica podrías hacer un backup con el TWRP cuando tengas el móvil a tu gusto por si te hiciera falta en un futuro.
Esperemos que en breve tengamos noticias de CM13