Pues creo que el kernel que trae CM por defecto SI soporta f2fs. Yo probé hace no mucho la crdroid con f2fs y me funcionó perfectamente. Todo es probar, no vas a tener brick. Si acaso te darían FC las app, y en ese caso flasheando un kernel como el que dice losoollenos, asunto solucionado.

Por otra parte para hacer lo que tú dices, con un pendrive otg, te metes en TWRP, haces un backup, lo pasas al pendrive. Luego wipeas las particiones excepto el almacenamiento interno, y conviertes la /data y /cache a f2fs. Luego restauras el backup y voilá! (por si acaso haz backup también de lo que tengas en la memoria interna)

Ya nos indicas si te animas a probarlo.