Mientras tengas el bootloader abierto no tiene por qué haber problema.
Busca los varios TWRP que hay para el RN3P y prueba uno a uno, y si se hubiera corrompido el boot de la rom la vuelves a flashear, no debería ser mayor problema que ese.
Si no te reconoce la sd para acceder a la rom hay que hacerlo por sideload:
http://andronewsoft.com/2015/12/16/h...-redmi-note-3
A malas le metes la rom por fastboot.
