Básicamente un wipe total es un restableciendo de fábrica. Si haces eso (el restablecimiento de fábrica) perderás todos los datos y aplicaciones instaladas y tendrás que volver a instalarlas.
También puedes entrar en recovery y marcar todos los wipes, excepto el wipe data y así no perderás los datos ni las aplicaciones, solo se borrará la caché completamente. Esta opción es menos útil que la anterior pero puede funcionarte.
Yo lo que suelo hacer es instalar la actualización y si funciona todo bien no hago nada, si empieza a dar problemas o veo que la batería no funciona bien, entonces hago un restablecimiento de fábrica (osea un wipe total) y así estoy seguro que todo funcionará bien. Tu mismo..., según te vaya.
PD: Para como entrar en modo recovery y con el terminal apagado (no suspendida la pantalla, apagado del todo) presiona a la vez las teclas de subir volumen, la tecla home y la tecla de encendido, cuando te salgan unas letras puedes soltar y ya estarás en modo recovery, pero ojito con lo que tocas por allí si no tienes mucha idea. Básicamente es un menú en el que tendrás que acceder a las opciones que pone wipe y ejecutarlas.
