HOLA.
EL kernel se sobreescribe encima del que tienes puesto ahora. no tienes ningun problema, el kernel que tu tienes es otro lo que pasa que ese kernel parami opinion no esta ajustado bien el voltaje y consume mas bateria y tira mas de la cpu aunque no digan lo contrario. la 1.3 es para mi la mejor para froyo 2.2.2 para pan de gengibre mejor usar las 2.2 o 2.3.
en referente a si pierdes las aplicaciones descarga la aplicacion titanium backup del market y haz una copia de las aplis que te hayas descargado. y asi cuando vuelvas con la nueva ROM lo podras recuperar TODAS LAS APLICACIONES JUEGOS ETC ETC instalando de nuevo el TITANIUM BACKUP . espero haberte ayudado.