los cab que hay en la carpeta de windows son los que usas cuando haces un hardreset.
si borras uno de esos cab ( que creo que no se pueden borrar ) cuando hagas un hardreset, no se lo que pasara, pero lo que esta claro que no se instalara la aplicación..
lo de la particion oculta y todo eso es una buena pregunta.. pero yo diria que no.
saludos!!!