Me respondo, por si a alguien le puede servir.
Tras mucho buscar en encontrado el hilo que abrí en su día.
La solución para los permisos de pasar archivos de la interna a la SD, se solucionaron instalando foldermount, la mis app parcheó el problema, reinicié y solucionado. Este fue el hilo:
http://www.movilesdualsim.com/tema/p.../#post-1336031
Un saludo.