Por fin!!! Lo he conseguido! Pero con un pequeño cambio en la segunda ruta para el terminal emulator. Me explico por si a alguien le pasa lo mismo y no se da cuenta hasta el último intento como yo... Creo que los pasos que seguí fueron los siguientes:
1.- Hacerse ROOT desde la cuenta de Flyme (ajustes > cuentas > mi cuenta Flyme , hacer click en “abrir privilegios del sistema”, aceptar e ingresar contraseña. El móvil se reiniciará solo) (
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=964287).
2.- Descargar SuperSu, actualizar binarios (reiniciar) y dar permisos.
3.- Descargar Terminal Emulator y dar permisos.
4.- Descargar ES Explorador de archivos (o cualquier otro).
5.- Descargar los archivos del tutorial y descomprimir en la raíz del teléfono.
6.- Ver en el explorador de archivos la ruta de acceso donde se encuentran dichos archivos. Es decir, en el tutorial pone que la ruta sería "cd /sdcard/int_mx4_pro", pero en mi caso creo recordar que era (según el explorador) "estorage/emulated/0/int_mx4_pro".
7.- Ejecutar en el teléfono el programa Terminal Emulator y escribir:
su
cd /estorage/emulated/0/int_mx4_pro (en mi caso. Sino, cd / y lo que os ponga el explorador)
sh install
Después seguir los pasos del tutorial. Reiniciar. Comprobar e instalar la rom deseada.
Creo que no me olvido nada.
Espero que si alguien tiene el mismo problema, esto le sirva, para los que no, perdón por el tostón,

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Simplemente dar las gracias a todos!!
Un saludo.