Lo de los binarios, no lo se, pero flasheando el último SuperSU, da un boot al primer intento, al segundo entra, al menos a mi:
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1538053
Lo de la SD es posible que tenga requerimientos o permisos diferentes Andorid 6.0 a CM12.1 (5.1.1) formatea la SD, seguramente incluso la reconozca y use como interna desde que la formatees, yo estoy pendiente de probar eso.