Pues depende como quieras hacerlo.
Si quieres seguir teniendo el bootloader abierto por si acaso... pues tendras que flashear una de las roms de emmaus (emmaus.pro) que vienen preparadas.
Si quieres volver a Flyme original y seguir las actualizaciones oficiales es un poco mas arriesgado pero posible.
Tendras que flashear el recovery modificado (patched) que hay en el GDrive VÍA FASTBOOT y desde él cargar una version de Flyme, por ejemplo la 4.2.8A...y ya desde ahí para arriba.
Aqui tienes la explicacion:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1077824