Creo que está claro en el tuto, sólo léelo tranquilamente.
6-Arrastramos los archivos FBOOT_S8500_b2x_onenand, S8500_StartKernel y la carpeta BOOTFILES a la ventana del Multiloader y ellos solos que colocarán en su sitio. Pulsamos en download y el wave reiniciará directamente en el recovery
No van en la sd, se flashean con el multiloader. Lo de Supersu si, es el archivo para rootear
Saludos