Yo me decantaría por el tamaño de pantalla y la autonomía de ambos.
Si usas mucho el movil vete por el redmi 3 porque es una autentica bestia en autonomia.
En cuanto al procesador, el Redmi Note 2 es mejor, pero no creo que sean una diferencia tan abismal.
Puedes ver varias reviews donde dicen que el Snapdragon 616, es menos potente pero mueve todo tambien. Mi consejo es que te decantes por el que mejor se adaptará a tu día a día y no por especificaciones como tales.