Como poder se puede, pero es un tema bastante mas complicado

Tienes que pasar el apk (llamado "base.apk", situado en "raíz/data/app/com.whatsapp-1) al pc y con winrar por ejemplo descomprimes la carpeta "drawable-xxhdpi-v11" (dentro de la carpeta "res"), y ahi buscas el iconito de whatsapp exactamente igual al que buscas (pequeño y con el color de fondo azul) y lo editas con el paint.net por ejemplo (digo paint.net porque es un programa muy sencillo como el paint de toda la vida pero respetando los formatos de imágen transparentes, en el paint saldrá con fondo blanco), y tu vas seleccionando y borrando los puntitos azules.. Después guardas la imágen y la vuelves a meter en el archivo "base.apk", en la carpeta de donde la sacaste dentro del archivo apk.
Después simplemente es volver a pasarla a tu celular y reemplazar el apk editado del pc por el original situado en "raíz/data/app/com.whatsapp-1". Y a partir de ahí ya te saldrá el iconito que has editado tú, osea el transparente!
