En mi opinión, no tienes duplicados los archivos.
Si te fijas te aparece como "duplicado" en el apartado categorias.
Te pongo un ejemplo, me descargo una cancion de jason derulo y creo una carpeta llamada "favoritas" dentro del reproductor. Además de ahi aparece en la lista global de todas las canciones, mas en otra de generos (pop en este caso), artistas, etc. Y no significa que se duplique.
Lo que quiero decir es que el propio sistema te lo organiza de otra manera para que puedas encontrarlo por tipo de archico y/o buscando tu carpeta, pero es un único archivo.
Espero haberme explicado bien
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