Vale, después de estarme rompiendo la cabeza durante varios días... Era el cable. El maldito cable. Siempre me ha funcionado bien tanto para cargar como para pasar datos, pero no tengo ni idea de porqué no funcionaba con Flashtool (¿puede que sea porque el cable mide 3m?). El caso es que he usado otro cable que tenía por ahí y todo ha funcionado a la perfección.
Gracias