Más que de permisos es que desde KitKat la escritura en la SD por parte de apps es o bien imposible o limitada.
Lo mejor es que uses los ficheros solo para leer y las escrituras las hagas sólo con preferencias. Así la implementación te vale en escritorio, Android, web, iOS, etc.
P.D.: Además que en este caso es más limpio tener unas preferencias que crear un fichero, parsearlo, etc. cuando al final quieres tres valores nada más que con tres valores en las preferencias lo resuelves rápido.