He descubierto como hacer que las palabras con tildes se vean bien en el Rockplayer. Lo pongo aquí por si alguien lo necesita.
Hay que ir Settings -> Encode Mode ( abajo del todo, la última opción) -> ISO 8859-1
A mí ahora se me ven perfecto los subtítulos, aunque un poco adelantados. Eso aún no se como arreglarlo.