Yo creo que este problema realmente no lo es. Es un problema de configuración.
Hay que ir a ajustes-> sonidos y notificaciones - > notificaciones de aplicaciones. Y ahí configurar las aplicaciones que queremos y si utilizan el led o no.
Lo que yo he visto es que prácticamente todas la aplicaciones tienen el led por defecto y claro eso parece un arcoíris, por ejemplo el batteryguru de snapdragon también hace que se encienda el led con notificaciones, si ha esa le unes un WhatsApp y un mail, pues la discoteca esta servida.
Yo he deshabilitado todas y he dejado el mail y el WhatsApp y los colores del led funcionan correctamente.