Muchas gracias por las respuestas. Te añado en verde nuevas dudillas que me aparecen...
1 - ¿Qué se ha quitado de la ROM Oficial en la que está basada la cocina?
Ufff...Lo típico del SYS (AutoUpdate, Catalog, SampleMusic, WelcomeCenter, ...) y WindowsLive
2 - ¿Es necesario el paquete TouchFlo para que funcione Manila 2D?
Sí y no sólo el Manila2D, si no la propia pantalla.
Entiendo que aunque no quiera utilizar ninguno de ellos (por ejemplo para usar SPB o HTC Home), tengo al menos que instalar el TouchFlo y después deshabilitarlo para que funcione correctamente la pantalla.
3 - Paquetes que echo de menos (respecto de la cocina de la Trinity) que entiendo están incluidos por defecto en la ROM oficial de HTC: x-HTC Action Screen, x-SaveToSim, xAdobe Reader LE, xamplificador, xBT_FTP, xEsmertec Jbed, xHTC Equalizer 1_0_2, xHTC_Streaming_Player_2_20_615718_00, xquickgps, xVoice Recorder, x_Diamond_CyberonVoiceSpeedDial, x_BT_filepush, z-asignacion de botones.
HTC ActionScreen => No está. No lo puse por la misma razón que quite el WelcomeCenter. ¿Me la puedes decir 
?
SaveToSim => No está. Se podría incluir.
AdobeReader => Incluido
Amplificador => No está. ¿Merecería la pena o se oye bien sin necesidad de aumentar el volumen?
BT-FTP => Incluido. Oficial.
Esmertec Jbed (Java) => Incluido
HTC Equalizer => Incluido
HTC Streaming Player => Incluido. Mismo ROM Oficial.
QuickGPS => Incluido. Oficial.
VoiceRecorder => Incluido. Oficial.
CyberonVoiceSpeedDial => Incluido. Oficial.
BT_Filepush => Incluido. Oficial.
Asignación de botones. => No incluido. No es necesario, ya que no hice otras versione que la Manila. En la ROM 6.1 de HTC hay una opción de configuración de los botones HW. Me imagino que es la equivalente a esta.
En cualquier caso para incluirlos me imagino que basta con seguir las recomendaciones que me das en el punto 4
4 - Otros paquetes que no tengo muy claro que estén en la ROM oficial: xArcsoft_MMS_5_0_31_50R2,xFreeCell,xGPS_Utilities_ v3_0,xBuscaminas,xKevtris,xLines_Default,xRegEdit, xRTConfig,x_ClearTemp,ynotepad,zRealplayer,zzfexpl oreext,z_Start Clean ¿Podría incluirlos con solo poner el paquete en la carpeta OEM?
ArcSoft_MMS => Incluido. Oficial.
Los demás no son oficiales de ninguna ROM. Sí puedes incluirlos, pero elimina el archivo Option.XML y comprueba la ruta en initflashfiles.txt
¿Alguna recomendacion especial con zzfexploreext? Me imagino que puede ser el más "traumático" al añadir opciones al explorador...
5 - ¿Funcionaría xHTC_Home_2_0_814_722 en este modelo?
Probablemente sí.
6 - Entiendo que xAsyncKiller, xautoHibernate1_0 no están incluidos al no funcionar con Manila2D o TFlo. ¿Funcionarían si se desactivan estos dos? Por ejemplo para usar SPB Mobile Shell o el HTC Home...
Supongo que sí. Antes bien lo hacían bajo HTC Home Plugin.
Creo que ya no me queda ninguna duda más (por ahora). Muchísimas gracias por tu inestimable trabajo.
Un saludo