Aun no tengo el terminal, ni otro Samsung, pero a ver si puedo ayudarte. Eso me suena a que has configurado el correo por IMAP (que sincroniza automáticamente) en lugar de POP3 (que descarga el correo sin más).
Mira a ver si es esto. Si lo tienes por imap, tu servidor de entrada sería algo tal que así: imap.dominio.com Mira a ver si tu servidor de correo tiene POP3 y cambia la dirección y el puerto.
Ya te digo, no lo sé porque no lo he probado, pero se me ocurre que puede ser eso. Todo ello, por supuesto, suponiendo que no es ninguna opción de la app la que te borra los emails.
