Yo tengo instalados los dos pero si es verdad que el tf3d config lo unico para lo que lo use fue para quitar de las pestaņas alguna que no uso, de momento como el correo o cambiarlas de orden, deje la ultima pestaņa la de configuracion en vez de la de Programas.
Es verdad que antes de trastear con el manila, que en definitiva te cambia mas que un theme, lo que hice fue en la pestaņa de aparence en vez de aplicar un theme le di a Restore Default y despues no tube problemas ni con el manila ni con lo de poner el mismo fondo en todas las pestaņas, problemas que si que tenia al tener cargado un Theme.