Si lo que deseas es tan limpia pues hazla por el flashtool pero si lo que deseas es guardar apk. Yo en mi caso la he flasheado con cwm, los tres wipes y pues al abrir es Explorer en la memoria interna, opción "carpeta download" aparecen todas las apks. Por lo menos es la opción que recomiendo pues es de la forma en que me aseguro siempre de tenerlas.haciendo el flashtool no se si se te puedan desaparecer. O un no correcto funcionamiento de la misma al desmarcar esta opción