Primero flashea la OTA o instala el firmware sin desbloquear el Bootloader y mira a ver si en marshmallow te merece la pena rootear. Si te merece, espera un poco más a ver si sale un supersu con el que no haga falta cambiar el boot.img para que funcione, y si no puedes esperar pues rooteas de esa manera. Pero vamos, que el orden es primero la ota/firmware y luego lo demás. Si está modificado el sistema o el recovery no podrás actualizar por ota a menos que lo vuelvas a poner original.
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