Hasta lo que yo se, el flashtools no tiene la opción de formar un .ftf a partir de tus archivos. Se podría extraer el contenido del ftf y modificarlo, pero no podrías volver a convertirlo a formato .sin ya que es un formato propio de sony.
Yo no dudaría en instalar el recovery, no va a suponer nada para el rendimiento de la rom y podrías hacer un nandroid, que sería exactamente tu rom, o incluso hacer un zip flasheable a tu gusto.
Salu2!