Por lo que he podido encontrar buscando se trata de alguna incompatibilidad de este tipo de aplicaciones de bloqueo de pantalla con el imprint, y hay soluciones pero es necesario ser root.
Lo que te pasa a ti ya es mas raro, siempre que pongo un dedo que la huella esta en el sistema me funciona siempre perfecto, claro está si he bloqueado la pantalla normalmente.