Probad con la nueva versión que he hecho.
Incluye la posibilidad de si queremos recorte o no.
También al abrir los ficheros visualiza la resolución así como la duración.
A los que no les funcionaba antes, si el fallo está en el MediaInfo como creo que está, debería aparecerles 0x0 y 0m 0s. En este caso la codificación funcionaría pero al tamaño original.
Copiar el ejecutable al directorio donde tengas instalado el programa.
Saludos.